1989年，Neil Young推出专辑《Freedom》。1990年，他重组Crazy Horse，创作了70年代后以来最为优秀的专辑《Ragged Glory》。在此后的促销巡演中，Neil Young雇佣Sonic Youth做暖场乐队。由于Sonic Youth的号召力，Neil Young逐渐得到了另类摇滚的青睐，他最终在Sonic Youth的建议下在1991年推了一张噪音摇滚的小唱片，以配合现场版专辑《Weld》的发行。　　

 

        《Weld》和Sonic Youth使Neil Young成为了后来风光一时的另类摇滚grunge的教父之一。但是，Neil Young在1992年再次放弃了另类摇滚。在1992、1993两年前后推出《Harvest Moon》、《Lucky Thirteen》，反响一般。1994年，《Sleeps with Angels》成为Neil Young九十年代的事业顶峰，被一致公认为那一年的杰作之一。1995年，Neil Young开始和Pearl Jam合作，录制发行了“赔本赚吆喝”的专辑《Mirror Ball》，媒体对它的评价不错，但销量平平，远没有达到预期的商业目的。更惨的还是Pearl Jam，因为在制作过程中的疏忽，专辑违反了某些法律条文，结果，Pearl Jam的名字被严禁出现在专辑封面中。